【2025.6】小規模事業者持続化補助金の特例とは？内容や補助金額が上がる可能性について解説

小規模事業者持続化補助金の特例とは、どんなものがあるのでしょうか。

本記事では、補助金概要から特例の具体的な内容、補助金額がどのくらい変わるのか、申請方法まで網羅的に解説します。この記事を読めば、特例の種類や要件、通常の補助金との違い、申請に必要な書類、さらには補助金額が上がる可能性や過去の事例、今後の動向まで理解することができるでしょう。事業計画の策定に役立つ、特例を活用した成功事例も紹介します。

ぜひ小規模事業者持続化補助金や特例を活用して、事業の成長を実現させてみてください。

1. 小規模事業者持続化補助金とは？特例が使える？

小規模事業者持続化補助金は、小規模事業者が経営計画に基づいて実施する販路開拓等の取組みに対し、その経費の一部を補助することにより、地域の活性化や事業者の生産性向上、制度改革への順応を促進することを目的とした補助金制度です。 審査を経て、採択された事業者のみ交付が決定されます。

1.1 補助対象となる事業者

補助対象となるのは、以下の要件を満たす事業者です。

• 小規模事業者であること
• 資本金又は出資金が５億円以上の法人に直接又は間接に１００％の株式を保有されていないこと（法人のみ）
• 確定している（申告済みの）直近過去３年分の「各年」又は「各事業年度」の課税所得の年平均額が 15億円を超えていないこと
  
  引用：小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞第 17 回公募 公募要領

小規模事業者の定義は以下のとおりです。

1.2 補助対象経費

小規模事業者持続化補助金の補助対象経費は以下のとおりです。

機械装置等費、広報費、ウェブサイト関連費、展示会等出展費（オンラインによる展示会・商談
会等を含む）、旅費、新商品開発費、借料、委託・外注費

また、以下の要件を満たす必要もあります。

• 使用目的が本事業の遂行に必要なものと明確に特定できる経費
• 交付決定日以降に発生し補助事業期間中に支払が完了した経費
• 証憑資料等によって支払金額が確認できる経費

引用：小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞第 17 回公募 公募要領

2. 小規模事業者持続化補助金の特例とは

小規模事業者持続化補助金には、いくつかの特例が設けられています。これらの特例は、特定の条件を満たす事業者に対して、補助金額の増加などのメリットを提供するものです。

事業計画の内容や事業者の属性によって適用される特例が異なるため、自身の事業に該当する特例をしっかりと確認することが重要です。

2.1 特例と補助上限金額の関係

小規模事業者持続化補助金には、インボイス特例と賃金引上げ特例があり、それらを活用することで補助上限金額や補助率が上がります。

以下は、小規模事業者持続化補助金の補助率、補助上限金額です。小規模事業者持続化補助金は一般型 通常枠と創業型に分かれており、補助上限金額もそれぞれ異なります。

一般型 通常枠

補助率	2/3（賃金引上げ特例のうち赤字事業者は3/4）
補助上限	50万円
インボイス特例	50 万円上乗せ ※インボイス特例の要件を満たしている場合に限る
賃金引上げ特例	150万円上乗せ ※賃金引上げ特例の要件を満たしている場合に限る
上記特例の要件をともに満たす事業者	200万円上乗せ ※両特例要件を満たしている場合に限る

創業型

補助率	2/3
補助上限	200万円
インボイス特例	50 万円上乗せ ※インボイス特例の要件を満たしている場合に限る

上記のように、特例を利用することで補助上限金額が高くなります。ただし、特例が適用されているからといって、必ずしも補助金額が高くなるわけではないので注意しましょう。

2.2 インボイス特例の概要

インボイス特例について、公募要領では以下のように示されています。

概要

免税事業者が適格請求書発行事業者への転換に伴う事業環境変化に対応することに対し政策支援をするため、2021 年 9 月 30 日から 2023 年 9 月 30 日の属する課税期間で一度でも免税事業者であった事業者及び 2023 年 10 月 1 日以降に創業した事業者のうち、適格請求書発行事業者の登録を受けた事業者に対して、補助上限額を一律５０万円上乗せします。

要件

補助事業の終了時点で「適格請求書発行事業者」の登録を受け、かつ、以下①②のいずれかに当てはまる事業者
① 2021 年 9 月 30 日から 2023 年 9 月 30 日の属する課税期間で一度でも免税事業者であった事業者
② 2023 年 10 月 1 日以降に創業した事業者
ただし、補助事業の終了時点でこの要件を満たさない場合、補助金は交付されません。
（注）小規模事業者持続化補助金＜一般型＞において「インボイス枠」で採択を受けて補助事業を実施したもしくは、「インボイス特例」を活用して補助事業を実施した事業者は、本特例の申請対象外です。
（注）インボイス特例を希望した場合、通常枠およびインボイス特例の要件を１つでも満たさない場合は、補助金は交付されません（特例による上乗せ部分のみではなく全体が交付対象外となります）。

必要な手続き

＜申請時＞
○申請情報入力画面の「インボイス特例の設定」にて、該当欄へチェックしてください。
○応募者概要入力（様式２）画面に下記の課税売上高を入力してください。
① 2019 年 9 月 30 日の属する事業年度の課税売上高
② 2020 年 9 月 30 日の属する事業年度の課税売上高
③ 2021 年 9 月 30 日の属する事業年度の課税売上高
○宣誓・同意画面に表示される「インボイス特例の申請に係る宣誓・同意書」（様式９）を確認し、該当箇所にチェックをしてください。
○以下のいずれかがある場合は、書類を提出してください。

＜登録済みの事業者＞
・適格請求書発行事業者の登録通知書の写し
＜電子申告（e-Tax）で登録申請手続中の事業者＞
・登録申請データの「受信通知」画面の写し
※「郵送（紙）で登録申請手続中の事業者」・「登録申請がまだの事業者」は、申請時は提出不要。
＜実績報告書の提出時＞
申請時に適格請求書発行事業者の登録通知書の写しを提出していない事業者は、適格請求書発行事業者の登録通知書の写しを提出。
※適格請求書発行事業者の登録申請手続については、以下の国税庁 HP をご参照ください。

引用：小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞第 17 回公募 公募要領

インボイス制度に対し、しっかり対応をしていた事業者に対する特例です。要件を確認し、もし当てはまる場合は手続きに従って設定しておきましょう。

2.2 賃金引上げ特例の概要

賃金引上げ特例について、公募要領では以下のように示されています。

概要

最低賃金の引上げが行われる中、それに加えて更なる賃上げを行い、従業員に成長の果実を分配する意欲的な小規模事業者に対し政策支援をするため、補助事業実施期間に事業場内最低賃金を＋50 円以上とした事業者に対して支援します。
加えて、賃金引上げ特例に申請する事業者のうち業績が赤字の事業者については、補助上限引上げに加えて、補助率が２／３から３／４へ引き上がる（インボイス特例対象事業者は、インボイス特例による上乗せ部分も含む）と共に、加点を希望した場合は優先採択を実施します。

要件

補助事業の終了時点において、事業場内最低賃金（※１）が申請時の事業場内最低賃金より＋50 円以上であること。
※１：別紙「参考資料」を参照してください。
※２：賃金引上げ特例を希望した場合、賃上げ加点が自動的に適用されます。
（注）申請時点において、従業員がいない場合は、本特例の対象外です。
（注）事業場内最低賃金の算定対象者は、申請時点において在籍している従業員です（退職している従業員は、事業場内最低賃金の算定対象外です。また、当初の計画通りに従業員の賃金の引上げがなされていない場合も対象外となります）。
（注）事業場内最低賃金の対象者が退職した場合、補助事業の終了時点において、次点の従業員が申請時の事業場内最低賃金＋50 円であれば特例適用となります。
（注）日々雇い入れられる者、２か月以内の期間を定めて雇用される者、または季節的業務に４か月以内の期間を定めて雇用される者（ただし、所定の期間を超えて引き続き雇用されている者は除く）は事業場内最低賃金の算定対象者の従業員には含まれません。
（注）「基本給＋歩合給」の給与形態の場合は、基本給部分が＋50 円となる必要があります。
（注）申請時点及び補助事業終了時点において、支給している事業場内最低賃金が、地域別最低賃金以上である必要があります。
（注）賃金引上げ特例を希望した場合、通常枠および賃金引上げ特例の要件を１つでも満たさない場合は、補助金は交付されません（特例による上乗せ部分のみではなく全体が交付対象外となります）。

必要な手続き

＜申請時＞
○申請情報入力画面の「希望する特例」にて、①-１賃金引上げ特例（上限 200 万円）を選択してください。
○賃金引上げ特例画面（様式７）にて、「事業場内最低賃金算出表」を入力してください。
○宣誓・同意画面に表示される「賃金引上げ特例・賃上げ加点の申請に係る誓約・同意書」（様式７）を確認し、該当箇所にチェックをしてください。
○以下の書類を提出してください。
✓ 労働基準法に基づく、直近１か月分の賃金台帳（※１）の写し（※２）。
✓ 雇用条件（１日の所定労働時間、年間休日）が記載された書類の写し（※２）。 例）雇用契約書、労働条件通知書等
＜実績報告書の提出時＞
○以下の書類を提出してください。
✓ 補助事業終了時点における直近１か月分の、労働基準法に基づく賃金台帳（※１）の写し（※２）。
✓ 賃金引上げ後の雇用条件（１日の所定労働時間、年間休日）が記載された書類の写し（※２）。 例）雇用契約書、労働条件通知書等

引用：小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞第 17 回公募 公募要領

最低賃金の引上げが義務付けられた中、さらに賃金を引上げた事業者に適用される特例です。こちらも、当てはまる場合はぜひ手続きに従って登録してみてください。

3. 小規模事業者持続化補助金に特例を適用させた状態で申請する方法

小規模事業者持続化補助金の申請は、原則として電子申請システムで行います。事務局が指定する様式に必要事項を入力し、添付書類をアップロードする形式です。郵送や持参での申請は原則として受け付けていませんので注意が必要です。

以下では、補助金申請の流れと、申請に必要な書類、そして申請時の注意点について詳しく解説します。

3.1 申請に必要な書類

申請に必要な書類は、以下のとおりです。

• 持続化補助金事業に係る申請書（様式１）
• 経営計画兼補助事業計画①（様式２）
• 補助事業計画②（様式３）
• 補助金交付申請書（様式５）
• 宣誓・同意書（様式６）
• 事業支援計画（様式４）
• 貸借対照表および損益計算書（直近１期分）
• 株主名簿（該当者のみ）
• 直近の確定申告書
• 貸借対照表および活動計算書（直近１期分）
• 現在事項全部証明書または履歴事項全部証明書
• 法人税確定申告書（別表一および別表四（所得の簡易計算））（直近１期分）
  
  引用：小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞第 17 回公募 公募要領

また、特例を適用させる場合は上記に加えて以下の書類の提出も必要です。

インボイス特例

＜登録済みの事業者＞
・適格請求書発行事業者の登録通知書の写し
＜電子申告（e-Tax）で登録申請手続中の事業者＞
・登録申請データの「受信通知」画面の写し
※「郵送（紙）で登録申請手続中の事業者」・「登録申請がまだの事業者」は、申請時は提出不要。
＜実績報告書の提出時＞
申請時に適格請求書発行事業者の登録通知書の写しを提出していない事業者は、適格請求書発行事業者の登録通知書の写しを提出。

賃金引上げ特例

・労働基準法に基づく、直近１か月分の賃金台帳（※１）の写し（※２）。
・雇用条件（１日の所定労働時間、年間休日）が記載された書類の写し（※２）。 例）雇用契約書、労働条件通知書等
＜実績報告書の提出時＞
・補助事業終了時点における直近１か月分の、労働基準法に基づく賃金台帳（※１）の写し（※２）。
・賃金引上げ後の雇用条件（１日の所定労働時間、年間休日）が記載された書類の写し（※２）。 例）雇用契約書、労働条件通知書等

3.2 申請の流れ

申請の流れは、大きく分けて以下のようになります。

1. 公募要領の確認：まずは、最新の公募要領を必ず確認しましょう。補助対象者や補助対象経費、申請期間などが記載されています。
2. 事業計画書の作成：公募要領に基づき、事業計画書を作成します。事業計画書は、採択を左右する重要な書類です。しっかりと作成しましょう。
3. 必要書類の収集：事業計画書に加えて、必要となる書類を揃えます。見積書や請求書などは、早めに準備を始めましょう。
4. 電子申請システムへの入力：必要事項を入力し、添付書類をアップロードします。入力内容に誤りがないか、最終確認を必ず行いましょう。
5. 申請完了：申請が完了すると、受付完了メールが届きます。メールが届かない場合は、事務局に問い合わせましょう。
6. 審査・採択結果の通知：申請後、審査が行われ、採択結果が通知されます。審査期間は公募時期によって異なります。

3.3 申請時の注意点

申請時には、以下の点に注意しましょう。

• 締め切り厳守：申請期間内に申請を完了させる必要があります。締め切り直前はシステムが混み合う可能性があるので、余裕を持って申請しましょう。
• 入力内容の確認：入力ミスや添付書類の漏れがないよう、何度も確認しましょう。特に、補助金額や事業期間などは、正確に入力する必要があります。
• 公募要領の熟読：公募要領には、申請に関する重要な情報が記載されています。必ず熟読し、理解した上で申請を行いましょう。
• 相談窓口の活用：申請に関する疑問点があれば、事務局が設置している相談窓口を活用しましょう。専門家が丁寧に質問に答えてくれます。

4. 小規模事業者持続化補助金を活用した事例

小規模事業者持続化補助金では、さまざまな事業に対して補助金を使うことが認められています。特に特例を活用することで、さらに大きな金額を活用することもできるでしょう。

以下では、具体的な成功事例を通して、補助金の効果的な活用方法を見ていきましょう。

4.1 飲食店の販路拡大

地域密着型の飲食店Aは、コロナ禍で来店客数が減少したため、オンライン販売に活路を見出しました。持続化補助金の特例を活用し、ECサイト構築とデリバリーサービス導入に必要な費用を補助。その結果、新たな顧客層を獲得し、売上減少を食い止めるだけでなく、コロナ禍以前よりも売上を伸ばすことに成功しました。

4.2 小売店のデジタル化推進

老舗の衣料品店Bは、顧客の高齢化と競合激化に悩んでいました。そこで、持続化補助金の特例を利用して、店舗のデジタル化に着手。顧客管理システムの導入やオンラインストアの開設を行い、顧客一人ひとりに合わせたきめ細やかなサービスを提供できるようになりました。結果として、新規顧客の獲得と既存顧客の維持に繋がり、業績が回復しました。

4.3 製造業の生産性向上

地方の家具製造業Cは、後継者不足と生産性の低さが課題でした。持続化補助金の特例を活用し、最新鋭の工作機械を導入。これにより、生産効率が大幅に向上し、高品質な製品を安定供給できる体制を構築。若手職人の育成にも力を入れ、事業の持続可能性を高めました。

4.4 サービス業の業務効率化

地域密着型の清掃会社Dは、人手不足と業務の煩雑さに悩まされていました。持続化補助金の特例を利用して、業務管理システムを導入。従業員の勤怠管理や顧客情報の一元管理が可能となり、業務効率が大幅に改善。従業員の負担軽減にも繋がり、離職率の低下にも繋がりました。

これらの事例は、小規模事業者持続化補助金、特にその特例が、様々な業種における事業の成長や課題解決に役立っていることを示しています。補助金を活用することで、新たな挑戦や未来への投資が可能となり、事業の持続的な発展に繋がります。

5. 小規模事業者持続化補助金と特例に関するよくある質問

ここでは、小規模事業者持続化補助金に関してよくある質問をまとめました。

5.1 申請期間はいつですか？

小規模事業者持続化補助金は、原則として年３回程度の公募が行われています。具体的な申請期間は、各回の公募要領で確認してください。公募期間は通常1～2ヶ月程度ですが、年度や状況によって変更される可能性があります。また、予算に達し次第締め切られる場合もありますので、早めの申請をおすすめします。

5.2 不採択となる理由にはどのようなものがありますか？

不採択となる理由は様々ですが、主なものとしては下記が挙げられます。

理由	詳細
事業計画の具体性不足	目標設定が曖昧、実現可能性が低い、市場分析が不十分など
補助対象経費の不適切さ	補助対象とならない経費が含まれている、経費の根拠が不明確など
経営状況の悪化	財務状況が著しく悪化している、事業継続が困難と判断されるなど
申請書類の不備	必要書類が不足している、記入漏れや誤りがあるなど

これらの点を踏まえ、事業計画を綿密に作成し、申請書類を丁寧に準備することが重要です。必要に応じて、商工会議所や商工会などの支援機関に相談することをおすすめします。

5.3 特例を適用した場合と通常の補助金申請の場合は何が違いますか？

小規模事業者持続化補助金の特例を活用すると、補助率（一般型 通常枠のみ）や補助上限金額が高くなります。また、特例を適用させるに伴い、別途手続きが必要です。必要書類なども多くなるので注意しましょう。

5.4 補助金はいつ支給されますか？

補助金の支給は、事業完了後となります。事業完了報告書を提出した後、審査を経て支給が決定されます。支給時期は公募時期や審査状況によって変動するため、事前に確認が必要です。また、補助金は後払いであるため、事業実施に必要な資金は自己資金で賄う必要があります。

6. 小規模事業者持続化補助金で特例を使って申請したい場合、株式会社補助金プラスがサポート可能です

小規模事業者持続化補助金には2種類の特例制度がありますが、適用条件や申請方法が複雑で、事業者様だけでは適用されるのか判断が難しい場合があります。特例申請を検討しながらも、申請の煩雑さに本業への影響を心配される方も少なくありません。

株式会社補助金プラスなら、特例制度の適用可否から申請書類の作成まで、経験豊富な専門家が全面的にサポートします。これまで90%以上の高い採択率を実現してきた実績があり、事業者様の状況に最適な申請戦略をご提案。オンライン対応で全国どこからでもご利用いただけます。

小規模事業者持続化補助金で特例を活用したいとお考えの事業者様は、初回無料相談の株式会社補助金プラスにぜひお問い合わせください。

7. まとめ

この記事では、小規模事業者持続化補助金、特にその特例について解説しました。補助金を受けるための要件や、特例の種類、通常の補助金額と特例適用時の金額の違いなどを理解することで、事業の成長を促進するための資金調達を効果的に行うことができます。

特例は、特定の条件を満たすことで、補助金額が通常よりも増額される可能性があり、事業計画に合わせた適切な特例の活用が重要です。補助金の申請には必要な書類や手続きがあり、事前にしっかりと確認しておくことが大切です。成功事例を参考に、自身の事業計画に合った活用方法を検討し、積極的に活用することで、事業の更なる発展を目指しましょう。