【2025.6】小規模事業者持続化補助金でECサイト構築!売上アップの成功事例と申請のコツ

小規模事業者持続化補助金を使ってECサイトを構築したいけれど、何から始めたら良いか分からない…そんな悩みを抱えていませんか?
この記事では、補助金の概要からECサイト構築に使える経費、メリット、成功事例、申請方法のコツ、申請後の流れ、よくある質問までを網羅的に解説します。売上拡大のチャンスを広げ、新たな顧客層を獲得するためのECサイト構築を、補助金活用で実現する方法を具体的に理解できるでしょう。
ぜひ、本記事を参考に補助金申請を成功させ、ECサイト構築による事業成長を実現させてみてください。
- ECサイトに小規模事業者持続化補助金を活用する方法がわかる
- 過去に補助金を活用してECサイトを構築した事例がわかる

1. 小規模事業者持続化補助金の概要|ECサイトにも使える便利な補助金
小規模事業者持続化補助金は、小規模事業者が経営計画に基づいて実施する販路開拓等の事業の経費の一部を補助する制度です。 生産性向上と持続的な経営基盤の確立、今後の制度改革への順応を支援することを目的としています。
補助対象となる事業は幅広く、対象経費もさまざまです。ECサイトの構築にも活用できます。この補助金を活用することで、小規模事業者は比較的少ない自己負担で事業を展開し、競争力を強化することができます。
1. 小規模事業者持続化補助金の概要|ECサイトにも使える便利な補助金
1.1 補助対象者
本補助金の対象となるのは、中小企業基本法に定義される小規模事業者です。小規模事業者の定義について、具体的には以下のように設定されています。

さらに、その他にも以下の要件を満たす事業者が対象になります。
- 小規模事業者であること
- 資本金又は出資金が5億円以上の法人に直接又は間接に100%の株式を保有されていないこと(法人のみ)
- 確定している(申告済みの)直近過去3年分の「各年」又は「各事業年度」の課税所得の年平均額が 15億円を超えていないこと
引用:小規模事業者持続化補助金<一般型 通常枠>第 17 回公募 公募要領
1.2 補助金額と補助率
小規模事業者持続化補助金は、2025年6月現在一般型 通常枠と創業型の2種類が募集されており、それぞれ以下のような補助金額と補助率が設定されています。
一般型 通常枠
補助率 | 2/3(賃金引上げ特例のうち赤字事業者は3/4) |
補助上限 | 50万円 |
インボイス特例 | 50 万円上乗せ ※インボイス特例の要件を満たしている場合に限る |
賃金引上げ特例 | 150万円上乗せ ※賃金引上げ特例の要件を満たしている場合に限る |
上記特例の要件をともに満たす事業者 | 200万円上乗せ ※両特例要件を満たしている場合に限る |
創業型
補助率 | 2/3 |
補助上限 | 200万円 |
インボイス特例 | 50 万円上乗せ ※インボイス特例の要件を満たしている場合に限る |
創業型のほうが補助上限金額が高く設定されています。創業型は創業3年以内の事業者のみが申請できるので、もし創業から年数が浅いなら創業型への申請をお勧めします。
1.3 補助対象経費
本補助金の対象経費は以下のとおりです。
機械装置等費、広報費、ウェブサイト関連費、展示会等出展費(オンラインによる展示会・商談
会等を含む)、旅費、新商品開発費、借料、委託・外注費
また、申請する経費は以下の要件も満たしていなくてはなりません。
- 使用目的が本事業の遂行に必要なものと明確に特定できる経費
- 交付決定日以降に発生し補助事業期間中に支払が完了した経費
- 証憑資料等によって支払金額が確認できる経費
引用:小規模事業者持続化補助金<一般型 通常枠>第 17 回公募 公募要領
ECサイトの構築に活用できるのは、ウェブサイト関連費です。ウェブサイト関連費について後ほど詳しく解説します。
2. 小規模事業者持続化補助金でECサイト構築に使える経費
小規模事業者持続化補助金で、ECサイトの構築に活用できる経費は先述したとおりウェブサイト関連費です。以下では、ウェブサイト関連費について詳しく紹介します。

ウェブサイト関連費が使える
ウェブサイト関連費の概要は以下のとおりです。
ウェブサイト関連費
販路開拓等を行うためのウェブサイトや EC サイト、システム(オフライン含む)等の開発、構築、更新、改修、運用をするために要する経費
ウェブサイト関連費のみによる申請はできません。必ず、ほかの経費と一緒に申請してください。
ウェブサイト関連費は、補助金交付申請額の1/4(最大 50 万円)が、当経費の申請額の上限です。
ウェブサイト、システム開発等に関連する経費については、こちらで計上してください。
契約期間が補助事業期間を越えるソフトウェア使用権を購入する場合は、按分等の方式により算出された補助事業期間分のみ補助対象となります。
ウェブサイトを50万円(税抜き)以上の費用で作成・更新する場合、当該ウェブサイトは「処分制限財産」に該当し、補助事業が終了し、補助金の支払を受けた後であっても、一定の期間(通常は取得日から5年間)において処分(補助事業目的外での使用、譲渡、担保提供、廃棄等)が制限されることがあります。
処分制限期間内に当該財産を処分する場合には、必ず補助金事務局へ承認を申請し、承認を受けた後でなければ処分できません。補助金事務局は、財産処分を承認した補助事業者に対し、当該承認に際し、残存簿価等から算出される金額の返還のため、交付した補助金の全部または一部に相当する金額を納付させることがあります。承認を得ずに処分を行うと、交付規程違反により補助金交付取消・返還命令(加算金付き)の対象となります。
※補助金の交付を受けた補助事業の目的を遂行するために必要なホームページの改良や機能強化は、補助金事務局への事前承認申請等が必要となる「処分」には該当しません。
引用:小規模事業者持続化補助金<一般型 通常枠>第 17 回公募 公募要領
ECサイトの構築をはじめとして、ウェブ関連のさまざまな経費に活用することができます。
ただし、ウェブサイト関連費だけで単独で活用することはできません。必ず、他の経費と組み合わせて申請するようにしましょう。
3. 小規模事業者持続化補助金でECサイトを構築するメリット
小規模事業者持続化補助金を利用してECサイトを構築することで、事業の成長を促進する様々なメリットがあります。売上拡大のチャンスはもちろんのこと、業務効率化や新たな顧客層の獲得など、多角的な視点から事業発展に貢献します。
3. 小規模事業者持続化補助金でECサイトを構築するメリット
3.1 売上拡大のチャンス
ECサイトは、実店舗とは異なり時間や場所に制約されずに商品やサービスを提供できるため、売上拡大の大きなチャンスとなります。インターネットを通じて全国、さらには世界中のお客様にアプローチできるようになるため、潜在顧客の開拓や販売機会の増加が見込めます。また、実店舗を持つ事業者にとっては、ECサイトを補完的な販売チャネルとして活用することで、相乗効果による売上向上も期待できます。
3.2 業務効率化
ECサイトを導入することで、受注管理や在庫管理、顧客対応といった業務を自動化・効率化できます。例えば、注文受付や決済処理を自動化することで、人為的なミスを削減し、業務にかかる時間を短縮できます。また、在庫管理システムと連携することで、リアルタイムな在庫状況の把握が可能となり、過剰在庫や品切れのリスクを軽減できます。これらの業務効率化は、コスト削減にもつながり、事業の収益性向上に貢献します。
3.3 新たな顧客層の獲得
ECサイトは、実店舗ではアプローチが難しかった新たな顧客層へのリーチを可能にします。例えば、遠方のお客様や、特定の趣味や嗜好を持つニッチな層へのアプローチが容易になります。また、SNSやWeb広告などを活用することで、ターゲットを絞った効果的なプロモーションを実施し、効率的に新規顧客を獲得できます。ECサイトを通じて得られた顧客データは、今後のマーケティング戦略にも活用できる貴重な資産となります。
4. 小規模事業者持続化補助金を利用したECサイト構築の成功事例
小規模事業者持続化補助金を利用してECサイトを構築し、事業を成功させた事例を具体的に紹介します。これらの事例から、補助金の活用方法や効果的なECサイト構築のヒントを得て、自身の事業計画に役立ててください。
4. 小規模事業者持続化補助金を利用したECサイト構築の成功事例
4.1 事例1:地域特産品販売で売上3倍増!
4.1.1 補助金活用で実現した多言語対応ECサイト
地方都市で老舗和菓子店を営むA社は、コロナ禍で観光客が激減し、売上が大幅に減少しました。
そこで、小規模事業者持続化補助金を活用し、多言語対応のECサイトを構築。海外への販路拡大を目指しました。補助金により、高品質な商品写真の撮影、多言語対応のシステム開発、海外向けのマーケティング費用などを賄うことができました。その結果、ECサイト開設後1年で売上は3倍に増加。海外からの注文も増加し、新たな顧客層を獲得することに成功しました。
4.2 事例2:実店舗とECサイトを連携し売上増!
4.2.1 オンライン販売で新たな顧客を獲得
都市部で婦人服販売店を経営するB社は、実店舗の売上は安定していたものの、新たな顧客層の開拓に課題を感じていました。
そこで、小規模事業者持続化補助金を活用し、実店舗と連携したECサイトを構築。オンライン販売を開始しました。補助金により、ECサイト構築費用、在庫管理システム導入費用、オンライン販売促進のための広告費用などを賄うことができました。ECサイトでは、実店舗で人気の商品に加え、オンライン限定商品も販売。実店舗の顧客情報と連携したキャンペーンを実施することで、実店舗への送客にも成功しました。その結果、新規顧客の獲得に成功し、全体の売上増加に繋がりました。また、顧客の購買データ分析が可能になったことで、今後の商品開発や販売戦略にも役立っています。
項目 | 内容 |
---|---|
事業者名 | B社(架空の婦人服販売店) |
事業内容 | 婦人服の販売 |
補助金活用内容 | ECサイト構築、在庫管理システム導入、広告費用 |
成果 | 新規顧客の獲得、売上増加、データ分析による販売戦略強化 |
これらの事例はあくまでも一例です。小規模事業者持続化補助金を活用したECサイト構築は、それぞれの事業の特性や目標に合わせて、様々な方法で成功を収めることができます。重要なのは、自身の事業にとって最適なECサイト戦略を策定し、補助金を効果的に活用することです。
5. 小規模事業者持続化補助金にECサイト構築で申請する方法とコツ
小規模事業者持続化補助金の申請は、公募要領に沿って行う必要があります。申請書類を漏れなく準備し、説得力のある事業計画書を作成することが採択への近道です。ここでは、申請方法とコツをステップごとに詳しく解説します。
5. 小規模事業者持続化補助金にECサイト構築で申請する方法とコツ
5.1 申請書類の準備
まずは必要な申請書類を揃えましょう。主な書類は以下の通りです。申請前に最新の公募要領で必ず確認してください。
- 持続化補助金事業に係る申請書(様式1)
- 経営計画兼補助事業計画①(様式2)
- 補助事業計画②(様式3)
- 補助金交付申請書(様式5)
- 宣誓・同意書(様式6)
- 事業支援計画(様式4)
- 貸借対照表および損益計算書(直近1期分)
- 株主名簿(該当者のみ)
- 直近の確定申告書
- 貸借対照表および活動計算書(直近1期分)
- 現在事項全部証明書または履歴事項全部証明書
- 法人税確定申告書(別表一および別表四(所得の簡易計算))(直近1期分)
引用:小規模事業者持続化補助金<一般型 通常枠>第 17 回公募 公募要領
これらの書類は、正確かつ丁寧に記入することが重要です。誤りや漏れがあると申請が却下される可能性があります。
5.2 事業計画書の作成ポイント
事業計画書は、補助金申請の可否を大きく左右する重要な書類です。審査員に事業の必要性や将来性を理解してもらうために、具体的に分かりやすく記述する必要があります。
5.2.1 ECサイト構築計画の具体化
ECサイト構築に関する計画は、特に詳細に記述する必要があります。具体的には、以下の点を明確にしましょう。
- ECサイトで販売する商品・サービス
- ターゲットとする顧客層
- ECサイトの機能・デザイン
- 集客方法・販促計画
- 売上目標
- ECサイト構築にかかる費用
- 補助金活用による効果(売上増加、顧客拡大など)
数値目標を明確に設定し、補助事業によってどのように達成されるのかを具体的に説明することで、事業計画の説得力が増します。 例えば、「ECサイト開設により、新規顧客を年間100人獲得し、売上を20%向上させる」といった具体的な目標を設定しましょう。
申請から採択までは時間がかかる場合もあります。余裕を持って準備を進め、不明点があれば、事務局に問い合わせるなどして、積極的に情報収集を行うようにしましょう。
6. 小規模事業者持続化補助金申請後の流れと注意点
小規模事業者持続化補助金の申請後には、審査、交付決定、補助事業の実施、実績報告といった流れがあります。それぞれの段階で注意すべき点を押さえて、スムーズに補助金を受け取り、事業を成功させましょう。
6. 小規模事業者持続化補助金申請後の流れと注意点
6.1 審査と交付決定
申請書類を提出後、事務局による審査が行われます。審査では、事業計画の妥当性や実現可能性、補助事業の必要性などが評価されます。審査期間は時期によって変動しますが、概ね1~2ヶ月程度かかることが多いです。
審査を通過すると、交付決定通知書が届きます。交付決定通知書には、補助金額や補助対象経費などが記載されているため、内容をよく確認しましょう。 交付決定後、速やかに事業に着手することが重要です。
6.2 補助事業の実施
交付決定を受けたら、事業計画に基づいてECサイト構築を進めます。この際、補助対象経費として認められるものと認められないものがあるので、事前に確認しておくことが大切です。 例えば、ECサイト構築費用、システム利用料、広告宣伝費などは補助対象となる場合がありますが、人件費や事務所の家賃などは対象外となるのが一般的です。
また、事業計画に変更が生じる場合は、速やかに事務局に連絡し、承認を得る必要があります。 無断で計画を変更すると、補助金の交付が取り消される可能性があります。
6.3 実績報告
補助事業が完了したら、実績報告書を事務局に提出します。実績報告書には、事業の実施状況や成果、経費の支出状況などを記載します。領収書などの証拠書類も一緒に提出する必要があるため、大切に保管しておきましょう。
実績報告書の内容に基づいて、事務局が補助金の額を確定します。その後、補助金が支払われます。

7. 小規模事業者持続化補助金とECサイト構築に関するよくある質問
ここでは、小規模事業者持続化補助金とECサイト構築に関するよくある質問をまとめました。申請前に疑問を解消し、スムーズな手続きを進めましょう。
7. 小規模事業者持続化補助金とECサイト構築に関するよくある質問
7.1 補助対象となるECサイトの種類は?
補助対象となるECサイトの種類は特に限定されていません。スクラッチ開発、パッケージシステムの導入、既存ECサイトのリニューアルなど、様々な形態が対象となります。重要なのは、事業計画に沿って適切なECサイトを構築し、その費用が妥当であると認められることです。
7.2 補助金の申請時期は?
小規模事業者持続化補助金は、基本的に年に複数回の公募が行われています。具体的な申請時期や締め切りは、事務局のウェブサイトなどで確認できます。公募期間は限られていますので、早めに情報収集を行い、余裕を持って準備を進めることが重要です。
7.3 採択率はどのくらい?
採択率は公募時期や応募状況によって変動します。最新の公募回の採択率は、30%台でした。確実な採択を目指すためには、事業計画を綿密に作成し、審査基準を満たす必要があります。

7.4 不採択だった場合、再申請はできますか?
不採択だった場合でも、次回の公募で再申請することは可能です。不採択理由を分析し、事業計画を修正することで、採択の可能性を高めることができます。諦めずに再チャレンジしましょう。

8. ECサイト構築で小規模事業者持続化補助金の利用を目指すなら株式会社補助金プラスがサポートします
ECサイト構築による販路拡大を計画している事業者様にとって、小規模事業者持続化補助金は有力な資金調達手段です。しかし、ECサイト構築事業に特化した事業計画書の作成や必要経費の整理は専門知識が必要で、申請作業に時間を取られがちです。
株式会社補助金プラスでは、ECサイト構築案件での補助金申請を数多く手がけてきた専門家が、事業者様の販路拡大戦略に合わせた最適な申請書類を作成します。90%以上の採択率を誇る実績で、ECサイト構築費用の補助金獲得を強力にサポート。全国対応で事業者様の負担を最小限に抑えます。
ECサイト構築での補助金活用をお考えの事業者様は、ぜひ初回無料相談の株式会社補助金プラスにお問い合わせください。
8. まとめ
小規模事業者持続化補助金を活用したECサイト構築は、売上拡大、業務効率化、新規顧客獲得といった多くのメリットをもたらします。補助金申請には事業計画書の綿密な作成や不備をなくすことが重要です。成功事例からもわかるように、適切な準備と計画をすれば、小規模事業者持続化補助金を活用してECサイトの構築ができるでしょう。
この記事では、補助金の概要から申請方法、成功事例、よくある質問まで網羅的に解説しました。ECサイト構築による事業成長を目指す小規模事業者の皆様にとって、補助金活用の検討材料として、そして申請を成功させるための一助となれば幸いです。